Kerjasama PAS dan DAP dipertikaikan oleh sesetengah pihak kerana PAS mahukan negara Islam teokrasi sedangkan DAP menentang sebarang usaha menjadi Malaysia sebuah negara teokrasi, malah mahukan Malaysia menjadi lebih sekular. Pakatan Rakyat didakwa hanyalah sebuah gabungan longgar dan hanya bekerjasama untuk satu matlamat politik yang sama - menentang Barisan Nasional. Pengerusi DAP, Karpal Singh, mahu Anwar Ibrahim menjadi orang tengah menyatukan PAS dan DAP.

Terdapat sesetengah pihak berpendapat bahawa Pakatan Rakyat tidak patut ada parti dominan kerana semua parti saling memperkuatkan antara satu sama lain.[1] Kalau tiada DAP dan PKR, PAS tidak akan sekuat sekarang, begitu juga sebaliknya. PKR tidak patut menjadi parti yang dominan seperti PKR melarang DAP bertanding di Sarawak. Setakat ini DAP terpaksa menerima Menteri Besar Perak dari kalangan PAS walaupun DAP lebih dominan, kerana kedaulatan perlembagaan negeri Perak. Pemimpin DAP terpaksa berkorban kerana tidak adanya pemimpin Melayu dalam parti itu.

Dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2008 ramai sekali orang Cina dan India mengibarkan bendera PAS[perlu rujukan] dan mengundi PAS. Begitu juga ramai sekali masyarakat Melayu dari UMNO dan PAS yang mengundi DAP kerana undi protes terhadap Barisan Nasional dan UMNO. Soal perjuangan DAP yang dikatakan hampir-hampir anti-Melayu/Bumiputera tidak dipedulikan oleh pengundi Melayu. [perlu rujukan] DAP mahu PAS lebih realistik berhubung wawasannya mahu menegakkan negara Islam dan undang-undang Islam di Malaysia. Sebaliknya PAS mahu DAP menerima konsep-konsep sedia ada yang dirumus oleh Barisan Nasional seperti ketuanan Melayu, agama Islam sebagai agama rasmi, Perlembagaan Persekutuan, dan sebagainya.

Dalam isu Forum Memeluk Islam jelas sekali pemimpin DAP berbeza sama sekali dengan pemimpin PKR dan PAS.